Las dificultades del gobierno se intensificaron tras la reciente remodelación ministerial impulsada por Merz. La crisis comenzó con la renuncia del dirigente conservador Jens Spahn, quien dejó el ejecutivo luego de verse envuelto en una fuerte controversia relacionada con la gestación subrogada. Spahn había respaldado anteriormente la prohibición de esa práctica en Alemania, pero posteriormente recurrió a ella en el extranjero para convertirse en padre, una decisión que generó fuertes cuestionamientos públicos y dentro de la propia CDU.
Tras su salida, Merz designó a Thorsten Frei como reemplazo, promoviendo además a la entonces ministra de Salud, Nina Warken, al cargo de jefa de gabinete. La reorganización incluyó otros cambios importantes, entre ellos la destitución del ministro de Transporte, Patrick Schnieder, una decisión que provocó malestar entre dirigentes conservadores del estado de Renania-Palatinado, donde Schnieder contaba con un importante respaldo político.
Las críticas no se limitaron a las decisiones adoptadas, sino también a la forma en que fueron comunicadas. El viceministro de Salud, Tino Sorge, denunció públicamente que se enteró de su destitución por los medios de comunicación antes de recibir una notificación oficial por parte del canciller, un episodio que alimentó las acusaciones de improvisación y falta de liderazgo dentro del Ejecutivo.
