En 1966 ingresó a la prestigiosa Royal Shakespeare Company, una de las compañías teatrales más importantes del Reino Unido, en la que participó durante años en producciones de autores como William Shakespeare.
Su formación teatral le permitió construir un estilo interpretativo caracterizado por una voz profunda, una dicción precisa y una fuerte presencia escénica.
Aunque ya contaba con una extensa trayectoria en Inglaterra, su reconocimiento internacional llegó recién hacia finales de la década de 1980, cuando recibió una propuesta que cambiaría su vida profesional.
En 1987, Stewart fue elegido para interpretar al capitán Jean-Luc Picard en Star Trek: The Next Generation, la serie que retomaba el universo de ciencia ficción creado por Gene Roddenberry.
Su llegada a la franquicia tuvo un origen inesperado. Según se relató sobre el proceso de selección, el productor Robert Justman quedó impresionado al escucharlo interpretar textos de Shakespeare y consideró que podía convertirse en el protagonista de la nueva producción.
Sin embargo, la elección no fue sencilla. Roddenberry tenía inicialmente otras expectativas para el personaje y no estaba convencido de que un actor británico y calvo fuera el indicado para comandar la nave Enterprise.
Finalmente, Stewart consiguió el papel y firmó un contrato de varios años, aunque en aquel momento dudaba de que la serie pudiera alcanzar el éxito de la producción original protagonizada por William Shatner y Leonard Nimoy.